Według informacji MZ, w roku 2006 łączne publiczne nakłady finansowe na ochronę zdrowia zwiększyły się w porównaniu z rokiem poprzednim o 8,7 % i wyniosły 41,3 mld zł, co stanowiło 3,9 % PKB. W ogólnych środkach publicznych przeznaczanych na ochronę zdrowia największy udział stanowiły środki NFZ – 87 % (36 mld zł). Pozostałe środki pochodziły z budżetu państwa (7,6%, tj. 3,1 mld zł) oraz samorządów terytorialnych (5,4 % tj. 2,2 mld zł).
Łączne koszty świadczeń zdrowotnych finansowanych przez NFZ wyniosły 35,9 mld i były wyższe o prawie 9% w porównaniu z rokiem poprzednim. W kwocie tej mieszczą się środki w wysokości 993 mln zł przeznaczone na sfinansowanie skutków realizacji ustawy z 22 lipca 2006 r. o przekazanie środków finansowych świadczeniodawcom na wzrost wynagrodzeń (DzU. nr 149, poz. 1076). Bez uwzględnienia kwoty na podwyżki wzrost wyniósłby 6%.
Najwyższy, prawie dwukrotny, wzrost kosztów dotyczy profilaktycznych programów zdrowotnych. Powyżej 10% wzrosły koszty pięciu rodzajów świadczeń: podstawowej opieki zdrowotnej (10,2%), ambulatoryjnej opieki specjalistycznej (14,1%), rehabilitacji leczniczej (13,3%), opieki długoterminowej (12,0%), leczenia stomatologicznego (11,2%). Prawie o 10% wzrosły koszty poniesione na dalszych pięć rodzajów świadczeń: opiekę psychiatryczną i leczenie uzależnień (8,2%), pomoc doraźną i transport sanitarny (8,9%), świadczenia zdrowotne kontraktowane odrębnie (9,85%), zaopatrzenie w sprzęt ortopedyczny (9,5%). Najmniej wzrosły koszty leczenia uzdrowiskowego (tylko o 1,8%).
Wielkość środków finansowych przekazanych w 2006 r. do oddziałów wojewódzkich Funduszu wzrosła o 2,6 mld zł, tj. o 7,7%, co zwiększyło możliwość oddziałów w zakresie zakupu dodatkowych świadczeń opieki zdrowotnej oraz realizacji zapisów wymienionej wyżej ustawy o wzroście wynagrodzeń. Łączna realizacja ostatecznych planów finansowych w zakresie świadczeń zdrowotnych przez oddziały wojewódzkie wyniosła 98,92%.