Oto menu do przeszukiwania systemu baz National Library of Medicine - Entrez. Na czarnym pasku u góry znajdują się linki do poszczególnych baz, w tym bazy PubMed zawierającej MEDLINE. Poniżej widać okienko wyszukiwarki, do którego wpisujemy zapytanie. Jeszcze niżej znajduje się menu dodatkowych opcji pomocnych przy zaawansowanym wyszukiwaniu. Zarówno okienko wyszukiwarki, jak i menu opcji zaawansowanego wyszukiwania znajduje się na każdej stronie w trakcie wyszukiwania.

Wyszukiwanie w bazie PubMed jest skonstruowane w taki sposób, aby niezaawansowany użytkownik był w stanie znaleźć interesujące go informacje. Wystarczy wprowadzić do okienka wyszukiwarki słowa - hasła wiążące się z poszukiwanym tematem i kliknąć przycisk "Go" lub wcisnąć klawisz "Enter". Do wyszukiwania można używać jednocześnie kilku terminów i łączyć je za pomocą operatorów logicznych (AND, OR, NOT). Wówczas PubMed automatycznie sformułuje właściwe zapytanie, przeprowadzając proces automatycznego poszukiwania odpowiedników (Automatic Term Mapping - patrz poniżej) i przeszuka pod jego kątem wszystkie elementy cytatów, (tzw. pola: autor, tytuł, czasopismo, streszczenie, MeSH, itd.). klikając na 'Details' możemy sprawdzić jak PubMed przetłumaczył nasze zapytanie.

Wyszukiwanie według autora publikacji

Aby znaleźć w PubMed artykuły konkretnego autora, należy wprowadzić jego dane w odpowiednim formacie. Najpierw wpisujemy nazwisko a po spacji pierwszą lub dwie pierwsze litery imienia (bez kropek), np. smith ja, jones k. PubMed automatycznie rozpocznie przeszukiwanie bazy tylko w polach Author Name. Jeśli do szukania użyjemy samego nazwiska, PubMed będzie szukał go we wszystkich polach bazy. Aby temu zapobiec, można wymusić wyszukiwanie wprowadzonego nazwiska poprzez zastosowanie znacznika pola Author Name, [au], np. Smith [au].

Wyszukiwanie według tytułu czasopisma

Aby odszukać pozycje piśmiennictwa opublikowane w konkretnym czasopiśmie, wystarczy wprowadzić do okienka wyszukiwarki jego pełną nazwę, skrót nazwy lub numer ISSN (miedzynarodowy kod). Pełne nazwy czasopism znaleźć można w wyszukiwarce czasopism, dostępnej w internetowym serwisie NLM. Niekiedy PubMed może zakwalifikować nazwę czasopisma (zwłaszcza jednowyrazową, np. Cell) jako np. termin MeSH (można to sprawdzic w zakładce 'Details'). Można wówczas wymusić, aby wyszukiwanie odbywało się tylko w polu Journal Title, dodając po tytule znacznik [ta].

Automatyczne poszukiwanie odpowiedników

Wprowadzając jako zapytanie jedno lub więcej słów, PubMed dokonuje ich "inteligentnego tłumaczenia". Proces ten zwany automatycznym poszukiwaniem odpowiedników (Automatic Term Mapping) polega na przetłumaczeniu wprowadzonego przez nas słowa/słów według następującego schematu:

  • Najpierw poszukiwane są odpowiadające naszemu zapytaniu terminy - słowa kluczowe, zwane Medical Subject Headings (MeSH), którymi opatrywane są artykuły w chwili przygotowywania ich do umieszczenia w MEDLINE. Tworzą one cały system słownictwa ułatwiający jednolite indeksowanie i poprawne odszukiwanie pozycji piśmiennictwa (więcej o nich poniżej). Np., jeśli użyjemy do wyszukiwania terminu vitamin h, PubMed zorientuje się dzięki tzw. tabeli odpowiedników MeSH (MeSH Translation Table), że chodzi nam o biotynę (będącą terminem MeSH) i zaproponuje nam następujące zapytanie: ("Biotin"[MeSH Terms] OR vitamin h[Text Word]).
  • Jeśli nie zostanie znaleziony termin MeSH odpowiadający naszemu zapytaniu, PubMed przeanalizuje, tablicę nazw czasopism (Journal Translation Table), sprawdzając czy termin ten jest tytułem czasopisma. Jeśli tak, to automatycznie wygeneruje zapytanie, które będzie ograniczało poszukiwanie do pola Journal Title.
  • Dalej, jeśli poszukiwanie w poprzednich tabelach odpowiedników nie przyniosło rezultatu, a wprowadzone zapytanie składa się z dwóch lub trzech wyrazów, PubMed sprawdzi, czy nie tworzą one trwałego związku frazeologicznego. Jeśli wprowadzone terminy zostaną zidentyfikowane jako fraza, będą wyszukiwane łącznie, jako jeden termin.
  • Na końcu PubMed przeszukuje indeks autorów pod kątem nazwisk autorów publikacji.

Początkowy ciąg znaków ("dzikie karty")

Innym pomocnym narzędziem przy wyszukiwaniu w PubMed jest możliwość stosowania tzw. "dzikich kart" (Wildcards), czyli wyszukiwania według terminów, które rozpoczynają się określonym ciągiem znaków. Ciąg ten należy zakończyć gwiazdką, np. flavor*. PubMed będzie wówczas szukał terminów rozpoczynających się ciągiem liter flavor, np. flavored, flavorfil, flavoring, itd.

PubMed obsługuje "dzikie karty", jeśli liczba wariacji związanych z wprowadzonym ciągiem nie przekracza 150. Użycie gwiazdki na końcu wyrazu wyłącza automatyczne poszukiwanie odpowiedników.

Szukanie całych fraz

Jeśli wprowadzona przez nas grupa wyrazów nie zostanie zidentyfikowana przez PubMed jako fraza, możemy wymusić wyszukiwanie jej jako jednej całości poprzez zamknięcie jej w cudzysłów (" ").

Stosowanie operatorów logicznych

Operatory logiczne sterują jednoczesnym wyszukiwaniem kilku terminów wprowadzonych do okienka wyszukiwarki. Operator AND umieszczony pomiędzy dwoma wyrazami powoduje wyszukanie pozycji zawierającej oba terminy. OR wyszukuje pozycje zawierające jeden albo drugi wyraz. Użycie operatora NOT skutkuje znalezieniem takich pozycji, które zawierają pierwszy wyraz, a nie zawierają wyrazu znajdującego się po NOT. Dozwolone są dowolne kombinacje poszczególnych operatorów. PubMed odczytuje znaczenie poszczególnych operatorów w kolejności od lewego do prawego. Możliwe jest wymuszenie innej kolejności poprzez zastosowanie nawiasów. Wówczas wyrażenia wewnątrz nawiasów są brane pod uwagę w pierwszej kolejności, a następnie zestawiane wobec szerszego kontekstu naszego zapytania. Operatory muszą być napisane wielkimi literami.
Przykład:
(heat OR humidity) AND multiple sclerosis

Wyszukiwanie terminów pochodzących od nazwisk

Aby PubMed właściwie zinterpretował nasze zapytanie musimy wprowadzić pełną nazwę (nazwisko i to czego ono dotyczy), np. Crohn's disease lub Crohn's technique, a także Crohn disease, Crohn technique ponieważ nie jest wymagana forma dzierżawcza. Jeśli chcemy wprowadzić samo nazwisko w formie dzierżawczej, musimy wziąć go w cudzysłów a zamiast apostrofu postawić spację.

Znaczniki pól

Każda pozycja piśmiennictwa umieszczona w MEDLINE składa się z danych umieszczonych w tzw. polach, np. informacje o autorach artykułu umieszczone są w polu Author Name [AU], tytuł czasopisma publikującego artykuł w polu Journal Title [TA], język publikacji w polu Language [LA], tytuł artykułu w polu Title Words [TI], Medical Subject Headings w polu MeSH Terms [MH], data publikacji artykułu w polu Publication Date [DP], data umieszczenia pozycji w bazie PubMed w polu Entrez Date [EDAT].

Istnieje możliwość wyszukiwania wprowadzonych do wyszukiwarki terminów tylko w określonych polach. Aby tak ograniczyć wyszukiwanie należy do każdego terminu dodać odpowiedni znacznik informujący wyszukiwarkę, w którym polu ma go szukać.

Szukanie według dat lub w przedziale czasu

Data powinna być wprowadzona do wyszukiwarki w formacie RRRR/MM/DD, np.1999/01/02 [edat] lub 2000/09/15 [dp]. Możliwe jest też zastosowanie formatu YYYY/MM, np. 1999/03 [edat] lub YYYY, np. 2000 [dp]. Aby znaleźć artykuły publikowane w podanym okresie czasu należy pomiędzy dwie daty wprowadzić dwukropek (:), np. 1990:2001 [dp] lub 1998/03:2000/12/31 [edat].

Pozycje piśmiennictwa z dostępnymi streszczeniami

Aby wyszukać tylko te pozycje piśmiennictwa, które posiadają streszczenia należy użyć ogranicznika 'hasabstract', np. arrhythmia AND hasabstract

PubMed Central

Aby znaleźć pozycje piśmiennictwa, które posiadają linki do wersji pełnotekstowych w bazie PubMed Central, należy zastosować ogranicznik 'medline pmc [sb]', np. arrhythmia AND medline pmc [sb].

 

 

Opracował:
lek. med. Mateusz Sidor