Diagnostyka różnicowa choroby Fabry’ego jest ograniczona w razie występowania opisanych wcześniej charakterystycznych objawów klinicznych postaci klasycznej. Bardzo często jednak choroba Fabry’ego przebiega bez swoistych objawów i stanowi jedną z wielu przyczyn niewydolności nerek, kardiomiopatii przerostowej i/lub udaru mózgu.
Z długiej listy możliwych etiologii tych zaburzeń chorobę Fabry’ego można łatwo wykluczyć za pomocą prostego testu przesiewowego suchej kropli krwi. Wykonanie testu należy rozważyć szczególnie u pacjentów (obu płci) wykazujących co najmniej jedno z następujących zaburzeń:
- napady silnego bólu dystalnych części kończyn,
- stwierdzenie ciemnoczerwonych skupisk lub sinych punktowanych zmian na skórze lub błonach śluzowych,
- upośledzenie pocenia się lub nadmierna potliwość o niewyjaśnionej przyczynie,
- zmętnienie rogówki i soczewki nieupośledzające wzroku u młodej osoby,
- udar mózgu o nieustalonej przyczynie, zwłaszcza w młodym wieku,
- powiększenie lewej komory serca lub kardiomiopatia przerostowa o nieustalonej przyczynie,
- białkomocz lub niewydolność nerek o nieustalonej etiologii,
- objaw poduszki (hiperintensywny sygnał tylnej części wzgórza obustronnie na obrazach T1-zależnych MR),
- poszerzenie i kręty przebieg tętnicy podstawnej i tętnic kręgowych w angio-MR.