Choroba Pompego jest dziedziczona autosomalnie recesywnie. Oznacza to, że rodzice chorego dziecka ponoszą 25% ryzyko powtórzenia się tej samej choroby u kolejnych dzieci. Ryzyko to dotyczy każdej ciąży i nie zależy od płci dziecka. Przebieg kliniczny choroby będzie podobny u wszystkich chorych dzieci tych samych rodziców (tzn. jeżeli u jednego dziecka wystąpiła ciężka postać o wczesnym początku, kolejne chore dziecko również będzie miało taką postać choroby).
Jeżeli znane są mutacje patogenne u chorego dziecka, w kolejnej ciąży można rozważyć przeprowadzenie diagnostyki prenatalnej w kierunku choroby Pompego (co może być istotne dla szybkiego rozpoczęcia leczenia po urodzeniu).
Ryzyko wystąpienia choroby Pompego u dziecka osoby chorej jest niewielkie, ale każde dziecko takiej osoby będzie nosicielem mutacji patogennej w jednym allelu. W tej sytuacji choroba u dziecka mogłaby wystąpić tylko w przypadku, gdyby drugi z rodziców (tzn. partner lub partnerka chorej osoby) był nosicielem mutacji patogennej tego samego genu. Biorąc pod uwagę rzadkie występowanie choroby Pompego, taki stan nosicielstwa u partnera/partnerki jest mało prawdopodobny, ale nie można go wykluczyć bez wykonania badań genetycznych. Należy również pamiętać, że prawdopodobieństwo nosicielstwa mutacji może być znacznie większe, jeżeli partner/partnerka wykazuje pokrewieństwo z pacjentem. W każdym przypadku rozpoznania choroby Pompego wskazana jest konsultacja rodziny w poradni genetycznej.
