Fałszywie dodatnie wyniki (tzn. fałszywie zwiększone stężenie PCT przy nieobecności zakażenia bakteryjnego):

   noworodki (fizjologicznie) podczas pierwszych dni życia

   zespół ostrej niewydolności oddechowej

   ostre ataki malarii wywołanej przez Plasmodium falciparum

   uogólnione zakażenia grzybicze (np. kandydoza, aspergiloza)

   ciężki uraz mechaniczny

   po zabiegu chirurgicznym

   podawanie monoklonalnej lub poliklonalnej globuliny antylimfocytarnej w leczeniu ostrego odrzucania przeszczepu

   chemiczne zapalenie płuc

   poważne oparzenia i udary cieplne

   choroby nowotworowe: rak rdzeniasty tarczycy, rak drobnokomórkowy płuc, rakowiak

zespoły paraneoplastyczne

   choroby autozapalne np. rodzinna gorączka śródziemnomorska

   leczenie TNF-α np. czerniaka

Wyniki fałszywie ujemne (tj. fałszywie małe stężenia PCT w obecności zakażenia bakteryjnego):

   wczesna faza infekcji

   zakażenia zlokalizowane

   podostre zapalenie wsierdzia