Objawy przewlekłego zakrzepowo-zatorowego nadciśnienia płucnego nie różnią się istotnie od objawów nadciśnienia płucnego z innych przyczyn. Najczęściej jest to
- duszność,
- ograniczenie tolerancji wysiłku,
- szybkie męczenie się,
- osłabienie.
W początkowym okresie choroby objawy mogą być mało nasilone albo nawet niezauważalne.