Podstawową metodą zapobiegania nawrotom ostrej zatorowości płucnej jest leczenie przeciwkrzepliwe. Najczęściej w tym celu stosuje się doustne leki przeciwkrzepliwe, które charakteryzują się dużą skutecznością i niewielkim ryzykiem powikłań krwotocznych.
Doustną profilaktykę przeciwzakrzepową wprowadza się na okres przynajmniej 3 miesięcy po epizodzie zatorowym, ale większość chorych stosuje tę terapię bezterminowo.