Leczenie pacjenta z chorobami krążenia płucnego i nadciśnieniem płucnym powinno odbywać się w ośrodku referencyjnym. Takie ośrodki mają dostęp do pełnego spektrum leczenia nadciśnienia płucnego oraz personel posiadający umiejętności leczenia zabiegowego np. ostrej zatorowości płucnej.
Leczenie wspomagające lub tymczasowe, zanim przetransportuje się pacjenta do ośrodka referencyjnego, może odbywać się w takich szpitalach, jak szpital powiatowy czy SOR, natomiast ważny jest kontakt z lekarzami prowadzącymi w ośrodku referencyjnym.