W leczeniu ostrej zatorowości płucnej do dyspozycji jest terapia przeciwkrzepliwa, którą stosuje się u wszystkich chorych oraz terapia reperfuzyjna, udrażniająca tętnice płucne, którą stosuje się u najciężej chorych.
Ponadto w leczeniu wspomagającym w ostrej zatorowości płucnej nierzadko stosuje się tlenoterapię, dożylne, farmakologiczne wspomaganie układu krążenia aminami presyjnymi, a czasem wspomaganie mechaniczne.