U najciężej chorych z ostrą zatorowością płucną, zagrożonych utratą życia, oprócz terapii przeciwkrzepliwej, stosuje się tzw. terapię reperfuzyjną, mającą na celu szybkie odblokowanie tętnic płucnych ze znajdujących się w nich skrzeplin.
W terapii reperfuzyjnej znajdują zastosowanie dożylne leczenie fibrynolityczne, chirurgiczna embolektomia i metody przezcewnikowe.