Nierzeżączkowe zapalenie cewki moczowej jest chorobą weneryczną wywołaną w 35–70% przez Chlamydia trachomatis, aczkolwiek jego przyczyną mogą być inne patogeny, najczęściej: Ureaplasma urealyticum, rzęsistek pochwowy i wirus opryszczki zwykłej.
Aż u 20–30% pacjentów nie udaje się wykryć żadnego czynnika zakaźnego.
