Czy istnieją ogólnodostępne bazy danych pozwalające ustalić ryzyko wystąpienia zaburzenia zależnie od stwierdzonego genotypu (np. w ramach DTC)?

Na pewno zbiorcze i powszechnie dostępne są bazy danych dotyczące puli genów odpowiedzialnych za choroby monogenowe. Można skorzystać z bazy GenBank (NIH genetic sequence database: www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/), aby stwierdzić, czy dany wariant jest odpowiedzialny za określoną chorobę czy nie. Większy problem dotyczy chorób wieloczynnikowych, ponieważ wiele z tych badań przeprowadzono na różnych populacjach (w różnych grupach etnicznych). Aby uzyskać miarodajne dane, trzeba się posłużyć wynikami badań, które będą dotyczyły pacjentów o profilu genetycznym najbliższym (podobnym) do naszej populacji (a dokładniej populacji naszego pacjenta). W odniesieniu do badań sekwencjonowania następnej generacji (NGS) dostępne są 3 kategorie baz danych:

• Clinical Genomic Variant Repository – zawiera tylko informacje o sekwencjach wariantów,

• Genomic Medical Data Repository – zawiera informacje o sekwencjach wariantów wraz z danymi klinicznymi i fenotypowymi,

• Genomic Medical Evidence Database – zawiera dane medyczne uzasadniające klasyfikację lub asocjację dla stwierdzanego wariantu genetycznego.

W przypadku komercyjnych testów diagnostycznych wykonywanych na życzenie pacjentów (DTC) wiarygodność wyników zależy od zastosowanej metody badania, analizy danych oraz odniesienia stwierdzonych polimorfizmów/wariantów do właściwych standardów. Zaleca się jednak dużą ostrożność przy posługiwaniu się zarówno danymi pochodzącymi z publikacji, jak i baz danych. Przed ich wykorzystaniem zawsze należy ocenić skąd pochodzą dane (populacja) i z jakiego okresu, na jakiej grupie pacjentów i osób zdrowych przeprowadzono badania oraz jaka była dogłębność testów NGS (wielokrotność odczytu sekwencji) zastosowanych do analizy.

Niedopuszczalne jest przekazywanie osobie, która zgłosiła się na DTC, wyniku badania bez załączenia szczegółowej charakterystyki badanych/zidentyfikowanych wariantów genetycznych oraz podania bazy danych, do której odniesiono uzyskane wyniki. Należy podkreślić, że wyniki DTC zawsze należy konsultować z genetykiem klinicznym, który posiada właściwe przygotowanie umożliwiające poprawną interpretację wyników i ewentualnie udzielenie porady genetycznej. Osobom zamierzającym wykonać DTC zalecałbym wcześniejszą konsultację z genetykiem, który pomoże w wybraniu wiarygodnego laboratorium (firmy). Niekoniecznie takiego, które stosuje agresywną reklamę w mediach, ale oferuje wiarygodną technologię, dokładny opis badania oraz korzysta z uznanych baz danych. Należy pamiętać, że samo sekwencjonowanie to nie wszystko, bo równie ważne jest prawidłowe przeprowadzenie analizy biostatystycznej. Każda analiza musi się odnosić do referencyjnego źródła. Ważne jest też, aby to była właściwa biblioteka DNA (w artykule wymienionym w piśmiennictwie opublikowano internetowe linki do publicznych baz danych wykorzystywanych w interpretacji badań NGS).

Piśmiennictwo

1. Yohe S., Thyagarajan B.: Review of clinical next-generation sequencing. Arch. Pathol. Lab. Med., 2017; 141: 1544