Najwyższa Izba Kontroli oceniła pozytywnie, choć z zastrzeżeniami wykonanie planu finansowego przez Narodowy Fundusz Zdrowia w 2009 r. Pozytywną ocenę uzasadnia - wg NIK - wykonanie planu kosztów świadczeń zdrowotnych na poziomie 99,1%, wyższe niż w 2008 r. (94,3%), rzetelne opracowanie planów finansowych oraz prowadzenie sprawozdawczości.
Zastrzeżenia NIK dotyczyły m.in.:
wykorzystania 12 632,98 tys. zł. na finansowanie świadczeń ponadumownych (innych niż ratujących życie), na podstawie "ugód pozasądowych" zawartych ze świadczeniodawcami po wygaśnięciu wiążących umów, tj. bez podstawy prawnej
przekroczenia planów finansowych w zakresie kosztów podstawowej opieki zdrowotnej o 26 593,20 tys. zł (100,36% planu) oraz refundacji cen leków o 190 714,82 tys. zł (102,37% planu), na co, zdaniem NIK, NFZ nie miał wpływu, gdyż refundacja cen leków oraz liczba osób objętych opieką w ramach POZ nie były limitowane
niewystarczającej skuteczności systemu weryfikacji rozliczeń refundacji cen leków oraz wyodrębnionych świadczeń w POZ.
