Ze zgłoszeniem problemu zdrowotnego może wystąpić minister zdrowia, konsultant krajowy z danej dziedziny medycyny lub dyrektor Agencji Oceny Technologii Medycznych.
Opracowanie programu poprzedza identyfikacja problemu przez prezesa NFZ na podstawie opracowanych przez powołany przez niego Zespół analiz zabezpieczenia i dostępności do świadczeń opieki zdrowotnej zwanych raportem o celowości opracowania programu.
Rozstrzygnięcia w sprawie opracowania, wdrożenia, zmiany lub zakończenia programów podejmowane są przez szefa Funduszu w I i III kwartale każdego roku.
