Rada Narodowego Funduszu Zdrowia uważa, że powinien on zostać wyłączony z przepisów projektowanej ustawy o racjonalizacji zatrudnienia w państwowych jednostkach budżetowych i niektórych innych jednostkach sektora finansów publicznych w latach 2011-2013. Projekt ten skutkować ma koniecznością zmniejszenia zatrudnienia pracowników w Funduszu, co najmniej o 10% liczby etatów.
