W Wielkiej Brytanii za pomocą metod sekwencjonowania zidentyfikowano nowy wariant SARS-CoV-2 posiadający liczne mutacje białka wypustek („kolców”, za pośrednictwem których wirus przyłącza się do komórki). Został określony jako SARS-CoV-2 VUI 202012/01 (Variant Under Investigation, rok 2020, miesiąc 12, wariant 01). Wstępna analiza sugeruje, że ma on większe zdolności do przenoszenia się niż warianty krążące dotąd.
W ciągu ostatnich kilku tygodni w Wielkiej Brytanii odnotowano gwałtowny wzrost zachorowań na COVID-19. Stało się to powodem poszukiwania przyczyn epidemiologicznych lub wirusologicznych. Na podstawie badań genetycznych zidentyfikowano pojedynczy klaster zakażeń nowym wariantem wirusa. W Wielkiej Brytanii regularnie wykonuje się badania sekwencjonowania w 5–10% przypadków COVID-19. Do 13.12.2020 zidentyfikowano 1108 osób zakażonych nowym wariantem, a pierwszy odnotowany przypadek datowany jest na 20.09.2020. Większość zakażeń zidentyfikowano w hrabstwie Kent i Południowo-Wschodniej Anglii (w tym Londynie i na wschodzie Anglii), ale pojedyncze przypadki rozpoznano również w innych regionach Wielkiej Brytanii, jak i w innych krajach (Danii, Holandii, Australii, Belgii). Jednak większość krajów UE / EOG rzadziej wykonuje sekwencjonowanie wirusa niż to ma miejsce w Wielkiej Brytanii, dlatego też nie można wykluczyć, że występuje on również częściej poza Wielką Brytanią.
Analiza filogenetyczna wykazała, że jest tylko kilka form pośrednich pomiędzy nowym wariantem SARS-CoV-2, a innymi krążącymi wariantami z bazy GISAID. Niezwykle duża liczba mutacji białek wypustek znajdujących się w otoczce wirusa, a także inne właściwości genomowe nowego wariantu wirusa sugerują, że nie pojawił się on w wyniku stopniowej akumulacji mutacji w Wielkiej Brytanii. Jest również mało prawdopodobne, aby mógł powstać w wyniku presji selekcyjnej wynikającej z trwających programów szczepień, ponieważ obserwowany wzrost nie odpowiada harmonogramowi takich działań. Jednym z możliwych wyjaśnień pojawienia się tego wariantu jest przedłużające się zakażenie SARS-CoV-2 u pojedynczego pacjenta, prawdopodobnie z obniżoną odpornością. Taka długotrwała infekcja może prowadzić do akumulacji mutacji wynikających z ucieczki wirusa spod presji osłabionego układu odpornościowego. Innym możliwym wytłumaczeniem mogą być procesy adaptacyjne wirusa, który występuje u różnych podatnych na zakażenie gatunków zwierząt, a następnie jest przenoszony z powrotem na ludzi od żywicieli zwierzęcych. Doprowadziło to do pojawienia się wariantów wirusa z wieloma mutacjami białka wypustek w Danii i Holandii, gdzie gospodarzem zwierzęcym były norki. Jednak w przypadku wariantu rozpoznanego w Wielkiej Brytanii zarówno ECDC, jak i regionalne biuro WHO potwierdzają, że nie ma danych epidemiologicznych wskazujących na taką przyczynę. Możliwe jest również, że nowy wariant szerzył się w krajach, w których sekwencjonowania genomu SARS-CoV-2 się nie wykonuje lub wykonuje je rzadko. Ta hipoteza jest jednak mało prawdopodobna. Przemawiają za tym następujące fakty: 1. przypadkowe mutacje nabywane przez wirusa nie wyjaśniają niezwykle wysokiego odsetka mutacji w zakresie wypustek, 2. brak wykrycia pośrednich wariantów w czasie kumulacji mutacji, która w naturalnych warunkach powinna trwać ok. 10 miesięcy wg zegara molekularnego, 3. nie przemawiają również za tym wzorce podróży międzynarodowych. W Południowej Afryce w październiku 2020 r. wykryto wariant wirusa z jedną z mutacji stwierdzanych w SARS-CoV-2 VUI 202012/01 (mutacja N501Y w zakresie białka kolca), ale ewolucyjnie wirusy te nie są blisko spokrewnione.
Niektóre stwierdzone mutacje związane są z miejscem wiązania receptora i innymi strukturami powierzchniowymi, co może zmieniać właściwości antygenowe wirusa. Biorąc pod uwagę dużą liczbę i lokalizację mutacji białek wypustek, wydaje się prawdopodobne, że może nastąpić pewne zmniejszenie wpływu neutralizującego przeciwciał, ale nie ma jeszcze na to dowodów. Nie ma również dowodów, aby stwierdzone mutacje w zakresie tych struktur miały wpływ na większą liczę reinfekcji czy obniżenie skuteczności szczepionki. Jak dotąd w przypadku szerokiego zakresu wariantów mutacji o nieznanym wpływie klinicznym stwierdzono zmniejszenie poziomu neutralizacji przez przeciwciała znajdujące się w surowicy ozdrowieńców. W nowym wariancie SARS-CoV-2 stwierdzono również delecję 69-70, co powoduje niewykrywanie sekwencji dla genu S w badaniu RT-PCR (wynik fałszywie negatywny). Jednak ze względu na dużą zmienność tego obszaru, obecnie bardzo rzadko wykorzystuje się wykrywanie genu S do diagnostyki zakażenia SARS-CoV-2 (wręcz się tego nie zaleca).
