Jak cytować: Rymer W., Wroczyńska A., Matkowska-Kocjan A.: COVID-19 – aktualny stan wiedzy. Med. Prakt., 2020; 3: 102–121
Jakie są zasady pobierania materiału na badanie molekularne (PCR) w kierunku zakażenia SARS-CoV-2?
Materiałem z wyboru są próbki pobrane z dolnych dróg oddechowych (aspiraty przeztchawicze [TTA] lub popłuczyny oskrzelikowo-pęcherzykowe [BAL]), nieindukowana plwocina, wymazy z nosogardła oraz aspiraty z nosogardła. W 1. tygodniu choroby można też pobrać do badania krew, później wynik badania może być ujemny pomimo toczącego się zakażenia.
Sposób pobrania materiału biologicznego do badań w kierunku SARS-CoV-2
- Pełna krew pobrana w ilości 5–10 ml (niemowlęta 1 ml) do pojemnika z EDTA. Transport w temperaturze 2–8°C w ciągu 24 godzin do laboratorium. Materiału nie należy mrozić. Pobranie krwi zalecane jest jedynie w pierwszym tygodniu choroby.
- Materiał biologiczny z dolnych dróg oddechowych (preferowany ze względu
na mniejsze prawdopodobieństwo uzyskania wyniku fałszywie ujemnego):
1) aspiraty przeztchawicze (TTA): 2–3 ml materiału zebrać do jałowego pojemnika
2) popłuczyny oskrzelikowo-pęcherzykowe (BAL): co najmniej 15 ml zebrać do jałowego pojemnika. - Nieindukowana plwocina – przed pobraniem materiału jama ustna powinna zostać przepłukana wodą, plwocinę należy odkrztusić do jałowego pojemnika. Ze względu na ryzyko zakażenia personelu nie zaleca się indukowania plwociny. Przed wysłaniem materiału należy się upewnić, że pochodzi on z dolnych dróg oddechowych (badanie mikroskopowe).
- Materiał biologiczny z górnych dróg oddechowych:
1) aspirat z jamy nosowo-gardłowej (2–3 ml) należy zebrać do jałowego pojemnika na plwocinę
2) wymaz z jamy nosowo-gardłowej i gardła – łącznie trzy wymazówki (z gardła i po jednym z każdego nozdrza). - Do pobrania wymazów należy używać tylko wymazówek z włókien syntetycznych nawiniętych na patyczek z tworzywa sztucznego (inne mogą powodować zahamowanie reakcji PCR). Stosować zestawy transportowe przeznaczone specjalnie do pobierania materiału klinicznego w kierunku zakażeń wirusowych. Po pobraniu wymazu wszystkie trzy wymazówki należy umieścić w jednej probówce wolnej od DNA-az i RNA-az, zawierającej ok. 2–3 ml podłoża transportowego (buforowany roztwór soli fizjologicznej – PBS lub płyn Hanksa albo 0,9% roztwór NaCl). Poziom płynu powinien zakrywać waciki (tylko waciki).
- Przy pobieraniu wymazu z gardła najpierw szpatułką należy docisnąć język ku dołowi, aby uniknąć zanieczyszczenia wymazu śliną. Za pomocą suchego sterylnego patyczka wymazowego energicznie trzeba potrzeć obie powierzchnie migdałków oraz tylną ścianę gardła, zwracając szczególną uwagę na miejsca zmienione zapalnie, bez dotykania powierzchni jamy ustnej.
- Wymaz z nosa powinien zostać wykonany dla każdego z nozdrzy osobną wymazówką. Wymaz należy pobrać energicznie, aby mieć pewność, że zawiera on zarówno komórki, jak i śluz z wnętrza nozdrza.
- Pobrane próbki powinny być przechowywane w warunkach chłodni (najlepiej 2–4°C) i jak najszybciej przetransportowane w lodzie do laboratorium. Jeśli czas przechowywania i transportu jest dłuższy niż 24 godziny, materiał biologiczny poza krwią może być zamrożony i dostarczony w suchym lodzie.
Wszystkie próbki pobrane do badań laboratoryjnych należy uznać za potencjalnie zakaźne, a pracownicy opieki zdrowotnej, którzy pobierają lub transportują materiał biologiczny, powinni rygorystycznie przestrzegać standardowych środków ostrożności w celu zminimalizowania ryzyka narażenia na patogeny. Zasady pakowania próbek powinny spełniać poziom bezpieczeństwa BSL2, a pojemniki powinny być zapakowane i opisane zgodnie z zasadami dla czynników wywołujących choroby u ludzi. Obowiązuje zasada potrójnego pakowania (1 – naczynie zasadnicze, 2 – opakowanie wtórne, 3 – opakowanie zewnętrzne). Dołączonego do próbek skierowania nie można umieszczać w opakowaniu wtórym, lecz należy je włożyć do zamkniętej koperty przytwierdzonej do opakowania zewnętrznego.
Diagnostyka w kierunku zakażenia wirusami powodującymi ostrą niewydolność oddechową, w tym w kierunku SARS-CoV-2, prowadzona jest w szpitalach zakaźnych i laboratoriach medycznych posiadających możliwość diagnostyki wirusologicznej. Nie należy pobierać materiału do badań w kierunku SARS-CoV-2 w placówkach POZ.
Piśmiennictwo:
1. Bhatia S., Imai N., Cuomo-Dannenburg G. i wsp.: Report 6: relative sensitivity of international surveillance WHO Collaborating Centre for Infectious Disease Modelling MRC Centre for Global Infectious Disease Analysis Abdul Latif Jameel Institute for Disease and Emergency Analytics (J-IDEA) Imperial College London. 21.02.2020. www.imperial.ac.uk/ media/imperial-college/medicine/sph/ide/gida-fellowships/Imperial-College--- COVID-19- -- Relative-Sensitivity-International-Cases.pdf (dostęp: 4.03.2020)2. CDC: Frequently asked questions and answers: coronavirus disease 2019 (COVID-19) and pregnancy. https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/specific-groups/pregnancy-faq. html (ostatnia aktualizacja: 21.02.2020) (dostęp: 28.02.2020)
3. CDC: Interim laboratory biosafety guidelines for handling and processing specimens associated with 2019 novel coronavirus (2019-nCoV). https://www.cdc.gov/coronavirus/ 2019-nCoV/lab/lab-biosafety-guidelines.html (ostatnia aktualizacja: 2.02.2020) (dostęp: 28.02.2020)
4. CDC. Interim U.S. Guidance for Risk Assessment and Public Health Management of healthcare personnel with potential exposure in a healthcare setting to patients with coronavirus disease 2019 (COVID-19). www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/hcp/guidance- risk-assesment-hcp.html (ostatnia aktualizacja: 25.02.2020) (dostęp: 1.03.2020)
5. Chan J.F., Lau S.K., To K.K. i wsp.: Middle East respiratory syndrome coronavirus: another zoonotic betacoronavirus causing SARS-like disease. Clin. Microbiol. Rev., 2015; 28: 465–522
6. Chen N., Zhou M., Dong X. i wsp.: Epidemiological and clinical characteristics of 99 cases of 2019 novel coronavirus pneumonia in Wuhan, China: a descriptive study. Lancet, 2020; 395: P507–513
7. ECDC: Case definition and European surveillance for human infection with novel coronavirus (2019-nCoV). https://www.ecdc.europa.eu/en/case-definition-and-europeansurveillance- human-infection-novel- coronavirus-2019-ncov (ostatnia aktualizacja: 30.01.2020) (dostęp: 1.03.2020)
8. European Centre for Disease Prevention and Control. Daily risk assessment on COVID-19, 4 March 2020. https://www.ecdc.europa.eu/en/current-risk-assessment-novel-coronavirus- -situation (ostatnia aktualizacja: 4.03.2020) (dostęp: 4.03.2020)
9. ECDC Technical Report. Guidance for wearing and removing personal protective equipment in healthcare settings for the care of patients with suspected or confirmed COVID-19. 28.02.2020. www.ecdc.europa.eu/en/publications-data/guidance-wearing-and-removing- personal-protective-equipment-healthcare-settings (dostęp: 1.03.2020)
10. European Centre for Disease Prevention and Control: Infection prevention and control for the care of patients with 2019-nCoV in healthcare settings. ECDC, Stockholm, 2020
11. European Centre for Disease Prevention and Control: Outbreak of acute respiratory syndrome associated with a novel coronavirus, China: first local transmission in the EU/EEA - third update. ECDC, Stockholm, 2020
12. Geller C., Varbanov M., Duval R.E.: Human coronaviruses: insights into environmental resistance and its influence on the development of new antiseptic strategies. Viruses, 2012; 4: 3044–3068
13. Główny Inspektorat Sanitarny: Informacja Głównego Inspektora Sanitarnego dla szpitali w związku z dynamicznie rozwijająca się sytuacją epidemiologiczną związaną z szerzeniem się nowego koronawirusa SARS-CoV-2. Warszawa, 27.02.2020
14. Główny Inspektorat Sanitarny: Zasady postępowania z osobami podejrzanymi o zakażenie nowym koronawirusem 2019-nCoV. https://gis.gov.pl/aktualnosci/zasady-postepowania- z-osobami-podejrzanymi-o-zakazenie-nowym-koronawirusem-2019-ncov/ (ostatnia aktualizacja: 27.01.2020) (dostęp: 1.03.2020)
15. Gralinski L.E., Menachery V.D.: Return of the coronavirus: 2019-nCoV. Viruses, 2020; 12: E135
16. Huang C., Wang Y., Li X. i wsp.: Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China. Lancet, 2020; 395: P497–506
17. Ji W., Wang W., Zhao X. i wsp.: Homologous recombination within the spike glycoprotein of the newly identified coronavirus may boost cross-species transmission from snake to human. J. Med. Virol., 2020; 92: 433–440
18. Lu H.: Drug treatment options for the 2019-new coronavirus (2019-nCoV). Biosci. Trends., 2020, Jan 28, doi: 10.5582/bst.2020.01020
19. Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS) Epidemiology Working Group and the participants at the Global Meeting on the Epidemiology of SARS: Consensus document on the epidemiology of severe cute respiratory syndrome (SARS), 16–17.05.2003. World Health Organization. Department of Communicable Disease Surveilance and Response; WHO/CDS/CSR/GAR/2003.11
20. Wang L.F., Eaton B.T.: Bats, civets and the emergence of SARS. Curr. Top. Microbiol. Immunol., 2007; 315: 325–344
21. Wojewódzka Stacja Sanitarno-Epidemiologiczna w Gdańsku: Wymagania dotyczące pobrania i transportu materiału do badań metodą RT-PCR w kierunku zakażeń układu oddechowego powodowanych przez koronawirusy (SARS; MERS; 2019nCoV – Wuhan Chiny). http://www.wsse.gda.pl/aktualnosci-i-komunikaty/aktualnosci/1037-wymagania- dotyczace-pobrania-i-transportu-materialu-do-badan-metoda-rt-pcr-w-kierunku-zakazen- ukladu-oddechowego-powodowanych-przez-koronawirusy-sars-mers-2019ncovwuhan- chiny (ostatnia aktualizacja: 31.01.2020) (dostęp: 1.03.2020)
22. World Health Organization: Coronavirus disease (COVID-19) advice for the public: when and how to use masks. www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/ advice-for-public/when-and-how-to-use-masks (dostęp: 1.03.2020)
23. World Health Organization: Global Surveillance for human infection with novel coronavirus (2019-nCoV). Interim guidance v3. 31.01.2020. WHO/2019-nCoV/ SurveillanceGuidance/2020
24. World Health Organization: Infection prevention and control during health care when novel coronavirus (nCoV) infection is suspected. Interim guidance. 25.01.2020. WHO/2019- nCoV/IPC/v2020.2
25. World Health Organization: Report of the WHO–China joint mission on coronavirus disease 2019 (COVID-19). 16–24.02.2020
26. Wong S.F., Chow K.M., Leung T.N. i wsp.: Pregnancy and perinatal outcomes of women with severe acute respiratory syndrome. Am. J. Obstet. Gynecol., 2004; 191: 292–297
27. World Organisation for Animal Health: Information received on 01/03/2020 from Dr Thomas Sit, Chief Veterinary Officer / Assistant Director (Inspection & Quarantine), Agriculture, Fisheries and Conservation Department, Hong Kong Special Administrative Region Government, Hong Kong (SAR – PRC). www.oie.int/wahis_2/public/wahid. php/Reviewreport/Review?page_refer=MapFullEventReport&reportid=33455 (dostęp: 1.03.2020)
28. Wu Z., McGoogan J.M.: Characteristics of and important lessons from the coronavirus disease 2019 (COVID-19) outbreak in China: summary of a report of 72 314 cases from the Chinese Center for Disease Control and Prevention. JAMA, Feb 24, 2020, doi: 10.1001/ jama.2020.2648
29. Volz E., Baguelin M., Sangeeta B. i wsp.: Report 5: phylogenetic analysis of SARS-CoV-2. WHO Collaborating Centre for Infectious Disease Modelling MRC Centre for Global Infectious Disease Analysis Abdul Latif Jameel Institute for Disease and Emergency Analytics (J-IDEA) Imperial College London. 15.02.2020. https://www.imperial.ac.uk/ media/imperial-college/medicine/sph/ide/gida-fellowships/Imperial-College--- COVID- 19--- genetic-analysis-FINAL.pdf (dostęp: 1.03.2020)
30. Zhu N., Zhang D., Wang W. i wsp.: A novel coronavirus from patients with pneumonia in China, 2019. N. Engl. J. Med., 2020; 382: 727–733
31. Zou L., Ruan F., Huang M. i wsp.: SARS-CoV-2 viral load in upper respiratory specimens of infected patients. N. Engl. J. Med., 2020; doi: 10.1056/NEJMc2001737
