Zasadą, która obowiązuje przy realizacji programu powszechnego szczepień przeciwko HPV jest wydawanie szczepionek przez powiatowe stacje sanitarno-epidemiologiczne (PSSE) do podmiotów leczniczych w takiej liczbie i rodzajach szczepionek, w jakiej punkt szczepień złożył zamówienie. Wynika to wprost z opracowanego przez GIS przekazanego przez NFZ w systemie SZOI do podmiotów leczniczych Wzoru formularza zamówienia na szczepionki HPV, którego celem jest ujednolicenie postępowania we wszystkich PSSE.
Na formularzu zamówienia punkt szczepień wskazuje zamawiane liczby dla każdego z preparatów (odrębnie dla Cervarix i Gardasil 9), a PSSE – wydając szczepionki – ze swojej strony potwierdza jedynie liczbę szczepionek, która została wydawana. Rodzaj szczepionki jest określany przez rodziców z chwilą zapisywania się na wizytę szczepienną w e-Rejestracji, co jest podstawą do składanych przez punkty szczepień zamówień. Stacja sanitarno-epidemiologiczna nie dokonuje zmian w rodzajach zamówionej szczepionki. W przypadku, gdyby zamówienie na dany rodzaj szczepionki przekroczyło liczbę szczepionek danego rodzaju, które są dostępne w stacji powiatowej, ten rodzaj szczepionki zostanie sprowadzony ze stacji wojewódzkiej lub Centralnej Bazy Rezerw Sanitarno-Przeciwepidemicznych, a fakt wydania mniejszej niż zamówiona liczby szczepionek zostanie odnotowany w formularzu zamówienia.
