Co wiadomo o nowych wariantach SARS-CoV-2?

21.01.2021
dr n. med. Weronika Rymer
Polski Instytut Evidence Based Medicine, Kraków

Jak cytować: Rymer W.: Następstwa zdrowotne COVID-19 i nowe warianty SARS-CoV-2. Med. Prakt., 2021; 1: 97–103

Skróty: COVID-19 (coronavirus disease) – choroba spowodowana przez SARS-CoV-2, ECDC (European Centre for Disease Prevention and Control) – Europejskie Centrum ds. Zapobiegania i Kontroli Chorób, NICE – (brytyjski) National Institute for Health and Care Excellence, POTS (postural orthostatic tachycardia syndrome) – zespół posturalnej tachykardii ortostatycznej, RPA – Republika Południowej Afryki, SARS-CoV-2 (severe acute respiratory syndrome coronavirus 2) – koronawirus zespołu ostrej niewydolności oddechowej 2, WHO (World Health Organization) – Światowa Organizacja Zdrowia

Co wiadomo o nowych wariantach SARS-CoV-2?

Wirusy nieustannie się zmieniają w wyniku pojawiających się nowych mutacji prowadzących do pojawiania się coraz to nowych wariantów. (Różnice w definicji mutacji, wariantu i szczepu przedstawiono w ramce 2). Niektóre z nich szybko zanikają, inne utrzymują się i wypierają dotychczas krążące w środowisku. Od początku epidemii COVID-19 bada się i dokumentuje zachodzącą zmienność SARS-CoV-2. Od niemal samego początku pandemii do biura WHO wpłynęło też kilka doniesień o nietypowych zdarzeniach z obszaru zdrowia publicznego, związanych z zakażeniem SARS-CoV-2, które prawdopodobnie miały związek z pojawieniem się nowych wariantów wirusa. WHO za każdym razem dokonuje oceny, czy nowy wariant wirusa może mieć wpływ na jego zdolność transmisji, obraz kliniczny i ryzyko ciężkiego przebiegu zakażenia, a także na efektywność stosowanych środków profilaktycznych.1

Ramka 2

W piśmiennictwie terminy „mutacja”, „wariant”, „szczep” niekiedy są stosowane zamiennie, jednak ich znaczenie jest różne. „Mutacja” oznacza pojedynczą zmianę w zakresie RNA wirusa prowadzącą do zmiany w zakresie kodowanego białka. Na przykład mutacja D614G oznacza zamianę kwasu asparaginowego na glicynę w pozycji 614 glikoproteiny S. „Wariant” oznacza genomy wirusa różniące się sekwencjami (może to dotyczyć pojedynczej, ale także kilku mutacji). Z kolei „szczep” oznacza różnice fenotypowe. Dany wariant jest określony szczepem, kiedy wyraźnie widoczne są różnice fenotypowe na przykład w zakaźności, transmisyjności itp.8

Szczególnie duże zainteresowanie budzą warianty z mutacjami w zakresie glikoproteiny S, która tworzy „wypustki” (kolce) na powierzchni wirusa nadające mu charakterystyczny wygląd. Warunkują one rozpoznawanie białek receptorowych dla wirusa znajdujących się na powierzchni komórki i wnikanie do jej wnętrza. Na przełomie stycznia i lutego 2020 roku pojawił się wariant z mutacją D614G. Do czerwca 2020 roku wariant ten stał się dominującym na całym świecie. Stwierdzono, że od początkowego wariantu wirusa wykrytego w Chinach różnił się jedynie zwiększoną zdolnością do zakażania i transmisji w populacji. Nie miał wpływu ani na ciężkość choroby, ani na skuteczność stosowanego leczenia, czy metod profilaktycznych.

Z kolei w Danii zidentyfikowano wariant SARS-CoV-2 powiązany z zakażeniem szerzącym się wśród norek hodowlanych, który z powrotem został przeniesiony na ludzi. Już w kwietniu 2020 roku stwierdzono zakażenia SARS-CoV-2 u norek i pracowników ferm hodowlanych w Holandii. 7 Na początku listopada władze Danii zgłosiły 214 przypadków zakażeń u ludzi wirusami pochodzącymi od norek, z mutacją Y453F w glikoproteinie S warunkującą łatwiejsze przyłączanie się do białek receptorowych na komórkach norek. W 11 przypadkach (ognisko określono „Cluster-5”) stwierdzono dodatkowe 3 mutacje w zakresie glikoproteiny S (del69_70, I692V, M1229I). Wstępne badania tego wariantu wirusa zasugerowały, że może on wiązać się z mniejszą skutecznością przeciwciał neutralizujących, co z kolei teoretycznie mogło skutkować skróceniem czasu ochrony immunologicznej po szczepieniu lub przebyciu zakażenia. Nie stwierdzono jednak rozpowszechnienia się tego wariantu.1,7-8

14 grudnia 2020 roku Wielka Brytania poinformowała WHO o nowym wariancie wirusa, który określono jako SARS-CoV-2 VUI 202 012/01 (variant under investigation, rok 2020, miesiąc 12, wariant 01), znany też jako B.1.1.7. W Wielkiej Brytanii regularnie wykonuje się sekwencjonowanie wirusa w 5–10% przypadków COVID-19. W ciągu ostatnich tygodni odnotowano gwałtowny wzrost zachorowań na COVID-19 w południowo-wschodniej Anglii. Stało się to powodem poszukiwania przyczyn epidemiologicznych lub wirusologicznych. Na podstawie badań genetycznych zidentyfikowano pojedynczy klaster zakażeń nowym wariantem wirusa, a pierwszy odnotowany przypadek jest datowany na 20 września 2020 roku. Mimo wprowadzenia obostrzeń, w tym w przemieszczaniu się ludności pomiędzy regionami2, do 26 grudnia wykryto przypadki zakażenia nowym wariantem w innych rejonach Wielkiej Brytanii. Stwierdzono również, że nowy szczep zaczął wypierać pozostałe warianty wirusa. Wykryto go już również w innych krajach (do 30 grudnia 2020 r. w 31 krajach/terytoriach/ obszarach).1,3 Nowy wariant nie jest filogenetycznie powiązany z wariantami krążącymi w Wielkiej Brytanii w tym czasie. Stwierdzono u niego wiele mutacji, przede wszystkim w zakresie glikoproteiny S (delecja 69–70, delecja 144, N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H), jak również w innych obszarach genomu wirusa. Analiza filogenetyczna wykazała, że jest tylko kilka form pośrednich pomiędzy nowym wariantem SARS-CoV-2 a innymi wariantami opisanymi w bazie Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data (GISAID). Niezwykle duża liczba mutacji białek wypustek znajdujących się w otoczce wirusa, a także inne właściwości genomowe nowego wariantu wirusa sugerują, że nie pojawił się on w wyniku stopniowej akumulacji mutacji wirusa krążącego w Wielkiej Brytanii. Jest również mało prawdopodobne, aby mógł powstać w wyniku presji selekcyjnej wynikającej z trwających tam programów szczepień, ponieważ obserwowany wzrost nie odpowiada harmonogramowi tych działań. Jednym z możliwych wyjaśnień pojawienia się tego wariantu jest przedłużające się zakażenie SARS-CoV-2 u pojedynczego pacjenta z obniżoną odpornością. Taka długotrwała infekcja może prowadzić do akumulacji mutacji wynikających z ucieczki wirusa spod presji osłabionego układu odpornościowego. Rozpatruje się również inne hipotezy powstania tego wariantu, ale wydają się one mniej prawdopodobne. Jak dotąd nie stwierdzono związku zakażenia SARS-CoV-2 VUI 202012/01 z odmiennym obrazem klinicznym COVID-19 czy zwiększonym ryzykiem ciężkiego przebiegu choroby i zgonu. Nie ma również dowodów na zmniejszoną skuteczność stosowanych leków, w tym przeciwciał neutralizujących, albo na zmniejszoną skuteczność szczepień, ale badania nadal trwają. Delecja 69–70 powoduje natomiast niewykrywanie sekwencji dla genu S w badaniu RT-PCR (wynik fałszywie ujemny). Jednak ze względu na dużą zmienność tego obszaru obecnie bardzo rzadko wykorzystuje się wykrywanie genu S do diagnostyki zakażenia SARS-CoV-2, dlatego też nie ma to większego znaczenia w codziennej praktyce.3

strona 1 z 2

Aktualna sytuacja epidemiologiczna w Polsce

COVID-19 - zapytaj eksperta

Masz pytanie dotyczące zakażenia SARS-CoV-2 (COVID-19)?
Zadaj pytanie ekspertowi!

Partnerem serwisu jest