Tak, dzieci można szczepić podczas profilaktycznego stosowania leków przeciwbakteryjnych (antybiotyków, kotrimoksazolu, innych chemioterapeutyków). Podawanie tych preparatów nie wpływa ani na skuteczność, ani na bezpieczeństwo szczepień.
Jedyną sytuacją, kiedy lek przeciwdrobnoustrojowy może wpłynąć na skuteczność szczepionek, jest stosowanie leków przeciwko wirusom Herpes (acyklowir, walacyklowir). Leki te mogą upośledzać odpowiedź na szczepionki zawierające wirusa ospy wietrznej i półpaśca.
Przeciwwskazaniem do szczepień nie jest też okres rekonwalescencji (w tym przypadku po przebytym zakażeniu układu moczowego), jak również ostra choroba infekcyjna o łagodnym przebiegu.